در حالی که ابقای علی فتح‌الله‌زاده در سمت مدیرعاملی استقلال - با آن همه اختلافی که بین او و رسولی‌نژاد وجود داشت - عجیب بود اما استعفایش از این سمت به هیچ عنوان عجیب نبود و قابل پیش بینی بود که او در این تیم ماندگار نخواهد شد.
اختلاف نظر شدید احمد رسولی‌نژاد به عنوان رئیس هیئت مدیره و علی فتح‌الله‌زاده به عنوان مدیرعامل استقلال در پایان رقابت‌های لیگ برتر آنقدر زیاد و عیان شده بود که حتی خوش بین‌ترین افراد هم نمی‌توانستند پیش بینی کنند که این دو فصل دوازدهم رقابت‌های لیگ برتر را کنار یکدیگر سر کنند. اما سفری که فتح‌الله‌زاده همراه محمد عباسی وزیر ورزش و جوانان به ترکیه داشت همه معادلات را برهم زد و در حالی که رسولی‌نژاد تاکید کرده بود که فتح‌الله‌زاده جزو گزینه‌های مدیرعاملی این باشگاه نیست اما پس از بازگشت وی از ترکیه، فتح‌الله‌زاده در سمتش ابقا شد.
همان زمان برخی منابع خبری از ابقای فتح‌الله‌زاده به عنوان "ابقای موقت" نام بردند اما احمد رسولی‌نژاد در گفتگویی اعلام کرد که تعجب می‌کند چرا برخی از کلمه "موقت" برای مدیرعاملی فتح‌الله‌زاده نام می‌برند. او اعلام کرد که اعضای هیئت مدیره باشگاه استقلال به طور کامل از فتح‌الله‌زاده حمایت خواهند کرد.
البته همان زمان هم ابهامات زیادی در مورد دلایل ابقای علی فتح‌الله‌زاده وجود داشت و برخی عنوان کردند که او مانده است تا به وضعیت مالی باشگاه و میزان بدهی‌هایی که در سال گذشته برجای مانده است رسیدگی شود. در این مورد گفته میشود فتح‌الله‌زاده میزان بدهی سال‌های گذشته باشگاه استقلال را چند میلیارد بیشتر کرده و اعضای هیئت مدیره او را نگه داشته‌اند تا تکلیف این بدهی‌ها مشخص شود.
اما مدیرعامل فصل گذشته استقلال که فضا را برای همکاری مناسب نمی‌دید خبر استعفایش را منتشر کرد و البته از سوی اعضای هیئت مدیره با واکنش‌هایی مواجه شد که مهمترین آن اظهار نظر احمد رسولی نژاد بود که اعلام کرده بود تا چند ساعتی قبل که با فتح‌الله‌زاده صحبت می‌کرده خبری از استعفا نبوده و قرار چند نشست مهم را با هم گذاشته‌اند.
با این حال به نظر می‌رسد استقلال به عنوان یکی از دو تیم پرطرفدار فوتبال ایران گرفتار بازی‌های پشت پرده برخی مسئولان این باشگاه شده و به طور واضح مشخص نیست کسانی که باید برای این تیم تصمیمات درست و منطقی بگیرند و در فصل نقل و انتقالات آرامش را بر این باشگاه حاکم کنند، به دنبال چه هستند و چرا یک روز فتح‌الله‌زاده ابقا میشود و چند روز بعد استعفا می‌دهد.
وزارت ورزش و جوانان به عنوان متولی این باشگاه باید با نظارت بیشتری اوضاع این تیم پرطرفدار را زیر نظر داشته باشد تا با ورود به لیگ دوازدهم آبی پوشان تهرانی با بحران‌های ریز و درشت مواجه نشوند. هر چند که احمد رسولی‌نژاد که رئیس هیئت مدیره استقلال است، همزمان معاون حقوقی وزارت ورزش و جوانان نیز هست و این می‌تواند ابزاری باشد برای کمک و سروسامان دادن به استقلال. اما اینکه چرا چنین اتفاقاتی در این تیم رخ می‌دهد مشخص نیست و کسی به درستی نمی‌داند پشت پرده این ماندن و رفتن‌ها چیست؟!