درست از زمانی که برانکو از پرسپولیس جدا شد شایعاتی در خصوص نقش محسن خلیلی در جدایی برانکو شنیده شد. گفته می‌شد خلیلی واسطه مذاکره باشگاه پرسپولیس و افشین قطبی بوده و وقتی هم این خبر به گوش برانکو می‌رسد سرمربی پرسپولیس عزم خود را برای رفتن از پرسپولیس جزم می‌کند.
این شایعات که البته هیچ وقت هم تایید نشد عاملی بود تا گروهی از
هواداران پرسپولیس به منتقدان جدی خلیلی تبدیل شوند و حتی در تجمعات مقابل
باشگاه و تمرینات هم علیه محسن خلیلی شعار سر بدهند. بعد از این ماجرا هر
اتفاق بدی که در پرسپولیس رخ داد گروهی آن را به نام محسن خلیلی زدند.
شرایط به قدری عجیب شد که خیلی از هواداران خلیلی را عامل آمدن یا رفتن بازیکنان، مشکلات مدیریتی، مشکلات مالی و از این دست میدانند.
واقعیت این است که به کار محسن خلیلی در زمینه سرپرستی یا مدیریت تیم
انتقاداتی زیاد و جدی وارد است، اما اینکه چطور هر اتفاق ناخوش آیندی به
خلیلی ربط داده میشود کمی عجیب است. زمانی در پرسپولیس همه چیز سر "مهرزاد
معدنچی" خراب می شد، اما حالا این نقش به محسن خلیلی رسیده.