مهاجم گیلانی استقلال به دلیل مصدومیت در اردوی نیم‌فصل دوم آبی‌پوشان در ترکیه حضور نداشت تا از آن روز به بعد، وینفرد شفر، سرمربی آلمانی استقلال خط قرمزی روی نام این بازیکن کشید و در خیلی از بازی‌ها حتی نام او را در لیست 18 نفره قرار نداد. به دنبال این اتفاقات، شایعه عجیبی مطرح شد مبنی بر اینکه باقری به دلیل مثبت اعلام شدن تست دوپینگ، نمی‌تواند برای استقلال بازی کند، شایعه‌ای که خیلی زود تکذیب شد. باقری پس از مدت‌ها در بازی مقابل سپاهان روی نیمکت استقلال نشست تا شایعه‌ی دوپینگش پایان یابد.
باقری در واکنش به شایعه دوپینگش به خبرنگار ورزشی خبرگزاری تسنیم گفت: اگر من دوپینگ کرده بودم، چرا در بازی مقابل سپاهان در لیست 18 نفره قرار گرفته و روی نیمکت نشسته بودم؟ نمی‌دانم چرا این شایعات را راه انداختند، اما پیگیر هستم که بدانم چه کسانی دوست دارند مرا به حاشیه ببرند.
وی در مورد دلایل بازی نکردنش و حتی قرار نگرفتن نامش در لیست 18 نفره استقلال در نیم‌فصل دوم، تصریح کرد: من با تمام وجودم در تمرینات شرکت می‌کنم و از نظر بدنی آماده هستم. من می‌توانم برای استقلال بازی کنم. بازی کردن برای تیم استقلال، افتخار بزرگی است، همان‌طور که در نیم‌فصل اول تلاش می‌کردم بهترین عملکردم را نشان دهم و روزهایی خوبی را سپری کردم.
مهاجم تیم فوتبال استقلال خاطرنشان کرد: اگر بازی نمی‌کنم، دست سرمربی تیم است و من تصمیم‌گیرنده نیستم. باز هم تأکید می‌کنم آمادگی خوبی دارم، اما نمی‌دانم چرا بازی نمی‌کنم و حتی در لیست 18 نفره قرار نمی‌گیرم.