مدیرعامل باشگاه استقلال در پی حذف این تیم از جام حذفی در نامه‌ای تند خطاب به علی کفاشیان، رییس فدراسیون فوتبال خواستار پاسخ درباره آنچه آن را تبعیض برنامه‌ریزی درباره استقلال و سپاهان خوانده بود، شد و در پی آن علی کفاشیان نیز به این ادعا پاسخ داد.
در بخش اول نامه باشگاه استقلال که به ابعاد فنی بازی، بحث داوری و همچنین موضوع مهم مدیریت و زمانبندی دیدارهای لیگ برتر، جام حذفی یا لیگ قهرمانان آسیا اشاره شده، می‌آید: «اکنون این پرسش مهم برای افکار عمومی و هواداران و مجموعه باشگاه استقلال به وجود آمده است که آیا توجیه صرف این موضوع که به دلیل مسابقه تشریفاتی تیم ملی ایران مقابل تیم ملی تایلند، مسابقه سپاهان اصفهان مقابل صبای قم در شهر قم در قالب رقابت‌های جام حذفی همزمان با مسابقات دیگر نمایندگان آسیایی باشگاه‌های ایرانی برگزار نشده است، می‌تواند دلیل قانع کننده‌ای باشد؟ آیا عدالت حکم نمی‌کرد که برنامه‌ریزان و طراحان برای تیم فوتبال استقلال هم مانند تیم سپاهان چنین «امتیاز بزرگی» قایل شوند؟»
در بخشی دیگر از نامه آمده است که با وجود اینکه سرمربی محترم تیم ملی با برگزاری مسابقه استقلال مقابل استیل آذین به دلیل خستگی ملی‌پوشان دو باشگاه در فاصله 72 ساعت از مسابقه تیم ملی موافق نبوده‌اند، چگونه است که این بار برنامه‌ریزان مسابقات مانند گذشته به نظر کارشناسی سرمربی تیم ملی توجه نکرده‌اند؟ آیا حضور مدیرعامل محترم باشگاه سپاهان در هیات رییسه سازمان لیگ برتر و رابطه صمیمانه مدیرعامل محترم باشگاه استیل آذین با رییس محترم سازمان لیگ برتر و سفر آقای عزیز محمدی و آقای علیپور به عربستان و تماشای مسابقه تیم سپاهان مقابل تیم عربستانی از نزدیک توسط مسوولان سازمان لیگ برتر (در شرایطی که با وجود بهانه‌های پرواز و نبود بلیت هواپیما می‌توانستند از مسابقه استقلال در جده هم دیدن کنند) همه این عوامل در اتخاذ یک تصمیم تبعیض‌آمیز برای باشگاه استقلال موثر نبوده است؟ آیا بهترین زمان برای طراحان احتمالی برخی جریانات جهت حذف تیم استقلال در چنین مقطعی نبوده است؟
در ادامه نامه باشگاه استقلال به فدراسیون آمده است: «به چه علتی تیم استقلال بعد از آن مسابقه سخت و طاقت فرسا در عربستان در یک فاصله کوتاه و با وجود خستگی به مصاف تیم استیل آذین رفت؟ آیا همه ابزارهای لازم برای برگزاری چنین مسابقه حساس و مهمی فراهم بود؟
اگرچه برخی سایت‌های خبری اعلام کرده‌اند که با وجود ارجاع این نامه توسط جنابعالی به کمیته داوران فدراسیون فوتبال، این نامه به دست آن کمیته محترم نرسیده و یا رسیدگی نشده است اما حتما با مشاهده مسابقه روز یکشنبه گذشته نگرانی باشگاه استقلال را نسبت به موضوع مطرح شده به وضوح احساس کرده‌اید! قضاوت ضعیف داور وسط این مسابقه، آقای تورج حق وردی نشان داد که اگر برنامه ریزان و طراحان، عدالت و انصاف را رعایت می‌کردند یکی از زیباترین مسابقه‌های چند سال اخیر فوتبال ایران می‌توانست در زمان بهتر و با قضاوتی مناسب انجام می‌شد.
پاسخ کفاشیان به نامه واعظ
اما علی کفاشیان، رییس فدراسیون فوتبال پاسخ نامه مدیرعامل باشگاه استقلال را اینگونه اعلام کرد:
1- جهت مزید اطلاع، مسابقه نیمه تمام مقاومت شهیدسپاسی با تیم فولادمبارکه سپاهان اصفهان از هفته بیستم دور برگشت به صورت معوقه در روز سه شنبه 20 بهمن ماه هشتاد و هشت برگزار شد که تیم استقلال یک روز قبل از آن از سری مسابقات جام حذفی دوشنبه 19 بهمن به مصاف تیم ذرت کاران اردبیل رفته و مسابقه داده است.
2- با توجه به مسابقات هفته اول جام قهرمانان آسیا در روزهای سه شنبه و چهارشنبه چهارم و پنجم اسفند ماه و برای ایجاد فرصت لازم برای نمایندگان فوتبال جمهوری اسلامی ایران مسابقات هفته بیست و هفتم دور برگشت تیم‌های استقلال تهران ـ ذوب آهن اصفهان و مس کرمان ـ فولادمبارکه سپاهان روز چهارشنبه بیست و هشتم بهمن ماه همزمان برنامه ریزی و برگزار شد.
3- مسابقه جام حذفی دور اول از مرحله دوم فولاد مبارکه سپاهان اصفهان با تیم صنعتی کاوه تهران که همزمان با تیم‌های استقلال تهران، ذوب‌آهن اصفهان و مس کرمان در روزهای یکشنبه و یا دوشنبه 9 و 10 اسفند پیش بینی شده و پرواز برگشت آنها از جده به تهران ساعت نیم بامداد یکشنبه 10 اسفند ماه وارد فرودگاه بین‌المللی تهران می‌شد، با توجه به درخواست باشگاه فولادمبارکه سپاهان و مخالفت کادر فنی تیم ملی (با عنایت به حضور چهار بازیکن فولادمبارکه در تیم ملی) در روز دوشنبه 11 اسفند چهار روز قبل از مسابقه آسیایی فولاد مبارکه یعنی شنبه اول اسفند 88 برگزار شده است.
4- حضور نمایندگان عزیز فوتبال ایران اسلامی در جام قهرمانان آسیا برای این فدراسیون و همه اعضا و همه باشگاه‌ها به مثابه و همطراز تیم ملی فوتبال بوده و بر همه ما فرض و لازم است که حمایت همه جانبه خود را از هر لحاظ از نمایندگان فوتبال ایران در لیگ قهرمانان آسیا به عمل آوریم و حضور مسوولان محترم سازمان لیگ به خواست این فدراسیون بوده و در مسابقات آتی داخلی و بی المللی نیز این رویه برای همراهی هر 4 نماینده باشگاه‌های ایران پیگیری و دنبال خواهد شد.