موضوع مهم درباره این بازیکن سابق و محبوب تیم ملی، نحوه جدایی او از کادر مربیگری تیم ملی در روز پیش از سفر ایران به استرالیاست. موضوعی که اگرچه گمانه زنی های بسیاری درباره آن صورت گرفته اما هیچ کس علت دقیق آن را نمی داند. کریمی که در روز سفر تیم ملی به استرالیا از تیم ملی رفت، به گفته کی روش نمک دان نشکسته و این رفتارش جای تقدیر داد. با این حال واقعیت موضوع درباره جدایی او مسئله مهمی است که پیگیری کامل اش حتی ممکن است فدراسیون فوتبال را با دردسر مواجه کند.
موضوع جدایی کریمی از تیم ملی در اردوی آفریقای جنوبی کلید خورده است. زمانی که او در واکنش به شرایط نا بسامان مالی تیم ملی در این اردو و درخواست بازیکنان با حسین هدایتی مالک متمول سابق استیل آذین تماس می گیرد و از او تقاضای کمک می کند. درخواستی که از سوی هدایتی اجابت شده و او به محض بازگشت تیم ملی از آن اردو در نشستی با حضور کی روش دو چک به مبلغ 875 میلیون تومان (500 + 375 میلیون) را در وجه علی کریمی می کشد و به او می دهد. اما در شرایطی که این مبلغ باید بین بازیکنان و کادر فنی تقسیم می شده، خزانه دار فدراسیون با دریافت هر دو برگ چک از کریمی، این مبلغ را به حساب بدهی های بازیکنان حاضر در جام جهانی (14 نفر ) و کادر فنی منظور می کند. در واقع به جای اینکه پول به تیم ملی فعلی پرداخت بشود، این مبلغ صرف بدهی‌های فدراسیون می شود و اگرچه بازهم به ملی پوشان و کادر می رسد اما از شکل پاداش و دستخوش در می آید و تبدیل به دستمزدی می شود که فدراسیون باید قبلا آن را می پرداخته است.
جالب اینکه علی کریمی با وجود آنکه بانی این کمک به تیم ملی بوده هیچ سهمی از این مبلغ نبرده است. او که قراردادی با فدراسیون نبسته بود این انتظار را داشت که حداقل قبل از سفر به جام ملتها این قرارداد با هر مبلغی رسمی شود اما این اتفاق هرگز رخ نمی دهد. علی کریمی که از این موارد به شدت عصبانی بوده، در روز سفر، وقتی نحوه خرید بلیت برای بازیکنان را می بیند و اسم خود را در جمع آنهایی که بلیت عادی دارند می یابد، دیگر تحمل نمی کند و ناغافل از جمع جدا می شود و به خانه می رود.
او که کاملا به حق و در جهت منافع عمومی تیم، از جمع ملی پوشان کنار کشیده دیگر در کادر کی روش حضور نخواهد داشت درحالیکه به نظر می رسید حضورش به شدت به تیم کمک می کرد. جالب است بدانید حسین هدایتی در استرالیا نیز پول توجیبی نفری 3 هزار دلار ملی پوشان را برایشان فرستاد تا آثار کریمی حتی بعد از جدایی هم باقی بماند.