به نقل از سایت باشگاه استقلال، این باشگاه طی نامه‌ای به مهدی تاج از نحوه قضاوت داور دیدار این تیم و سپاهان شکایت کرد. در این متن آمده است:
بسمه تعالی
جناب آقای مهندس مهدی تاج
رئیس سازمان لیگ فدراسیون فوتبال جمهوری اسلامی ایران
با سلام و عرض ادب
احتراما به دنبال قضاوت آقای علی رضا فغانی ، داور وسط مسابقه تیم های سپاهان اصفهان با استقلال تهران در چارچوب رقابتهای هفته سوم لیگ برتر ( دوره چهاردهم ) در روز پنج شنبه 23 مرداد ماه 1393 ، باشگاه فرهنگی ورزشی استقلال ایران مراتب اعتراض و شکایت خود را نسبت به قضاوت گروه داوری این مسابقه اعلام می نماید .
این برای اولین بار نیست که آقای علی رضا فغانی با سوت های پر اشتباه و واکنش های عجیب و عصبی تصمیماتی را اتخاذ می کند که زیان و ضرر آن مستقیما متوجه باشگاه استقلال می شود و نکته عجیب این است که بیشتر این اتفاقها در مسابقات استقلال مقابل سپاهان رخ می دهد ! یکسال قبل هم در روز پنج شنبه 10 مرداد 1392 در چارچوب هفته دوم رقابتهای لیگ سیزدهم آقای علی رضا فغانی ، داور وسط مسابقه استقلال مقابل سپاهان اصفهان در ورزشگاه آزادی بود و در آن مسابقه هم به دلیل دو اشتباه داوری تاثیرگذار در نادیده گرفتن خطای پنالتی روی پژمان نوری ( بازیکن تیم استقلال ) و اعلام کاملا نادرست یک ضربه پنالتی به نفع تیم سپاهان ( این ضربه منجر به گل تیم سپاهان شد ) زمینه شکست تیم استقلال مقابل نماینده اصفهان فراهم شد !
بعد از آن مسابقه کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال به دلیل اعتراض شدید هواداران تیم استقلال به نحوه داوری آقای علی رضا فغانی ، حکم به کسر یک امتیاز برای باشگاه استقلال دادند اما اکنون شاهد هستیم که با گذشت یکسال از آن اتفاق این فقط هواداران میلیونی باشگاه استقلال بوده اند که باید یکبار دیگر هزینه اشتباهات آقای فغانی را پرداخت کنند !
فراموش نکنیم که مسابقه این دو تیم همواره حکم فینال زودرس را داشته و این گونه قضاوتهای پر اشتباه می تواند زمینه ساز شائبه های مختلف باشد . در مسابقه روز پنج شنبه این دو تیم در اصفهان به گواه بسیاری از کارشناسان داوری ، یک خطای پنالتی نادرست به ضرر تیم استقلال ( گل اول تیم سپاهان ) گرفته شد و از سوی دیگر باز هم به گواه متخصصان داوری گل دوم تیم سپاهان در شرایط آفساید به ثمر رسید !
پیرو اشتباهات متوالی آقای علی رضا فغانی این پرسش در اذهان عمومی ایجاد می شود که چرا ایشان باید همواره در ابتدای رقابتهای لیگ برتر داور مخصوص این مسابقه باشد و چرا اشتباهات ایشان به صورت متوالی فقط به ضرر تیم استقلال بوده است ؟! در پایان انتظار می رود با توجه به حسن نظر رئیس محترم سازمان لیگ ، در اسرع وقت به شکایت باشگاه استقلال در موارد ذکر شده رسیدگی شود. بدیهی است که هواداران میلیونی تیم استقلال در انتظار رعایت عدالت و انصاف درباره این موضوع خواهند بود .