لیگ دوازدهم برای پرسپولیس کابوسی بود که در نهایت با هفتمی این تیم به پایان رسید. آن هم در حالیکه سرخپوشان در قواره یک قهرمان پا به این رقابت‌ها گذاشته بودند.
محمد رویانیان در ابتدای فصل تلاش کرد بهترین و اسمی‌ترین ستاره‌های فوتبال ایران را جذب کند. به همین دلیل هم سرکیسه را حسابی شل کرد تا برای تیم بدون سرمربی! ستارگانی که بیشتر در بورس بودند را پرسپولیسی کند.
نتیجه چنین تفکری این شد که پرسپولیس تیمی با چند مهاجم و بدون هافبک دفاعی شد! محمد قاضی، کریم انصاری فرد، غلامرضا رضایی، هادی نوروزی در همان روزهای اولی که کنار هم قرار گرفتند حاشیه‌ها را آغاز کردند. اولین جدل بر سر شماره پیراهن بود، غلامرضا رضایی گفت شماره 10 را به پدرم هم نمی‌دهم!
در نهایت این مسئله به خیر و خوشی تمام شد اما مسئولان باشگاه همچنان به دنبال سرمربی بودند.
در نهایت به دو گزینه کالدرون آرژانتینی و مانوئل ژوزه پرتغالی رسیدند.
بعد از نشست‌های کمیته فنی علی پروین گفت: «اون آرژانتینیه شانس بیشتری دارد و اعضا به اون مربی رای دادند» اما در کمال ناباوری فرگوسن مصر ( لقب ژوزه) هدایت سرخپوشان را برعهده گرفت. پرسپولیس در اولین دیدارش برابر نفت آبادان با گل دیرهنگام کاظمیان حریفش را شکست داد تا برخی مثل همیشه شتابزده از مانوئل ژوزه تعریف و تمجید کنند و او را معمار قهرمانی پرسپولیس بخوانند.
این معمار قهرمانی اما خیلی زودتر از آنچه تصور می‌شد به بن بست رسید. دلیلش هم واضح و مشخص بود ژوزه با فرهنگ فوتبال ایران و فوتبالیست‌های ایرانی آشنا نبود. در کادر فنی خود هم هیچ دستیار ایرانی نداشت تا حداقل از آنچه در تیم می‌گذرد اطلاعات دقیقی به او بدهد و اینگونه شد که فرگوسن مصر کارش در سرخپوشان ایرانی زودتر از آنچه تصور می‌شد تمام شود.
اولین درگیری ژوزه با مهرداد پولادی در کرمان بود و بعد هم نوبت به علی کریمی کاپیتان محبوب رسید و در نهایت اوضاع به سمتی رفت که ژوزه کریمی را اخراج کرد!
کم کم سکوها نیز علیه ژوزه شدند. در کنار تمامی این اختلاف‌ها و حاشیه‌ها پرسپولیس هر روز از روز قبل بدتر نتیجه می‌گرفت و ژوزه هم فقط یک حرف می‌زد من به زمان نیاز دارم تا این تیمی که خوب بسته نشده را به شرایط ایده آل برسانم. این حرف آنقدر تکرار شد تا خبرنگاری در یک نشست خبری به ژوزه گفت قبل از سقوط پرسپولیس به لیگ یک وضعیت تیم درست خواهد شد یا نه؟
در چنین شرایطی که شیوه بازی و نتایج بد پرسپولیس سوهان روح و روان هواداران شد بالاخره نیم فصل رسید تا یحیی گل‌محمدی سرمربی صبا به عنوان مربی وارد پرسپولیس شود.
تیم بدون هافبک نیز سه هافبک جذب کرد. رضا حقیقی، ولادتکو و مارکو پروویچ سرخپوش شدند. گفته می‌شود این سه بازیکن رقمی در حدود یک و نیم میلیارد تومان برای پرسپولیس خرج برداشتند تا شاید ژوزه با جذب این بازیکنان و حضور یک مربی ایرانی وضعیت تیم را بهبود ببخشد اما در نهایت بازهم وضع پرسپولیس تغییر چندانی نکرد.
در نهایت ژوزه با تهدید به شکایت از پرسپولیس به فیفا با دلخوری و حاشیه از این تیم رفت. هواداران هم از جدایی فرگوسن بدلی و قلابی خوشحال شدند و گل‌محمدی هم در اولین تجربه سرمربیگری‌اش با 6 گل ملوان را در جام حذفی درهم کوبید تا خیلی سریع لقب امپراتور را از هواداران بگیرد. علی کریمی هم به تیم برگشت و هواداران با تیم آشتی کردند و چند نتیجه خوب هم به دست آمد تا پرسپولیس از انتهای جدول جدا شود و همه دل به قهرمانی در جام حذفی ببندند.
سرخپوشان در جام حذفی بازی‌های سختی را پشت سرگذاشتند. ذوب آهن را در اصفهان و داماش را در گیلان شکست دادند و به فینال لیگ رسیدند.
در حالیکه هواداران پرسپولیس خود را برای جشن قهرمانی در ورزشگاه آزادی آماده کرده بودند در فینال همه چیز خراب شد. پرسپولیس که دو بار از حریف پیش افتاد نتوانست برتری‌اش را حفظ کند و در ضربات پنالتی تمام آرزوهای سرخپوشان و هواداران نقش بر آب شد و کاخ آرزوها فروریخت تا پرسپولیس در پایان این فصل کابوس‌وار بدون جام قهرمانی بماند و یک فصل دیگر هم در حسرت حضور در لیگ قهرمانان آسیا باشد.
مهدی مهدوی‌کیا؛ کاپیتان محجوب و دوست داشتنی سرخپوشان هم غریبانه پس از شکست در فینال جام حذفی در حالیکه فقط 5 دقیقه پایانی به او اجازه بازی داده شد از دنیای فوتبال خداحافظی کند.
گل‌محمدی هم که امید داشت یک فصل دیگر سرمربی پرسپولیس بماند به دلیل از دست دادن قهرمانی در ورزشگاه آزادی به یکباره از چشم هواداران افتاد.
با این حال پرسپولیس بزرگترین ناکام بزرگ لیگ دوازدهم بود. ناکامی محبوب و دوست داشتنی با هواداران بی‌شمار که آرزو می‌کنند فصل آینده حداقل شرایط این باشگاه مثل فصول گذشته نباشد و باشگاه سرمربی و مدیرعامل خود را قبل از اینکه دقیقه 90برسد، بشناسد.
البته گفته می شود منصور ابراهیم زاده در یک قدمی پرسپولیس قراردارد و شاید این فصل از معدود فصل هایی باشد که سرخپوشان زودتر از همیشه سرمربی خود را شناخته اند و می توانند با آرامش بهتری به جذب بازیکن رو بیاورند.