مجیدی در آن ایام توسط مرحوم ناصر حجازی که سرمربی استقلال بود ،به جمع آبی پوشان اضافه شد و در نخستین حضورش در استقلال در روز 20 تیر سال 1376،در بازی مقابل پرسپولیس سه بر صفر شکست در دربی را تجربه کرد. پس از آن،در فصل 77_76 مجیدی با استقلال قهرمانی در لیگ آزادگان را تجربه کردند و بدین ترتیب نخستین کاپ قهرمانی او با استقلال به دست آمد.
مجیدی فصل بعد از آن را هم با استقلال ادامه داد و این در حالی بود که در پایان فصل 77_76 شایعاتی مبنی بر حضورش در پرسپولیس منتشر شد و حتی خود او هم در آن مقطع از هواداران استقلال برای پیوستن به جمع سرخها هم رخصت گرفت اما در نهایت در استقلال ماند و در اردیبهشت 78،با استقلال نایب قهرمانی در آسیا را تجربه کرد. وی در اواسط فصل 79_78 از استقلال به راپیدوین اتریش پیوست تا حضور در سرزمین موسیقی را هم تجربه کند.
این در حالی است که در آن زمان،استقلال با یوگنی سوکومورخوف روزهای سختی را پشت سرمی گذاشت و کمی بعد تر از جدایی مجیدی،منصور پورحیدری سرمربیگری استقلال را بر عهده گرفت. مجیدی یک سال در راپیدماند و در 12 بازی،6 گل برای این تیم زد اما در آغاز فصل 80_79 دوباره به جمع آبی پوشان پیوست اما یک بار دیگر در میانه های فصل،از این تیم جدا شد و این بار به امارات رفت و به تیم الوصل پیوست.
اینچنین دوران حضور مجیدی در امارات آغاز شد و او طی سالهای حضورش در این کشور ،در دو تیم الوصل ، العین،الاهلی و النصر توپ زد. مجیدی در آغاز فصل 87_86 بار دیگر به استقلال مراجعت کرد.آن زمان بار دیگر مرحوم ناصر حجازی سرمربی استقلال شده بود و تاریخ پس از حدود 10 سال تکرار شد.
مجیدی در فصل 87_86 در حالی جشن قهرمانی جام حذفی را با استقلال جشن گرفت که نه ناصر حجازی و نه فیروز کریمی که پس از او آمد،بلکه امیر قلعه نوعی سرمربی استقلال شده بود. در فصل 88_87 مجیدی در استقلال ماند و در حالیکه در اکثر مسابقات در ترکیب ثابت تیمش قرار نداشت اما در پایان این فصل ،قهرمانی در لیگ برتر را کسب کرد و این بار هم این عنوان در تیمی اتفاق افتاد که امیر قلعه نوعی آن را هدایت می کرد.
فصل بعد ،امیر قلعه نوعی از استقلال رفت اما مجیدی ماند و با صمد مرفاوی به عنوان سرمربی جدید کار کرد.در آن فصل استقلال،جامی کسب نکرد و به دنبال آن با تغییرات در کادر مدیریتی و فنی،علی فتح الله زاده و پرویز مظلومی به جای امیر واعظی آشتیانی و صمد مرفاوی به این باشگاه آمدند. استقلال در فصل 90_89 هم قهرمانی را به دست نیاورد
اما در فصل بعدش و زمانیکه یک جام دیگر به ویترین افتخارات استقلال اضافه شد و این تیم به قهرمانی جام حذفی رسید،کاپیتان استقلال فرهاد مجیدی نبود و او ترجیح داد به تیم الغرافه قطر برود.به دلیلی که سرانجام مشخص نشد واقعا چه بود.آیا مشکل تنهایی دخترش بود ،اختلافش با معاونین باشگاه استقلال بود و یا اصلا چیز دیگری. اینچنین مجیدی در هفت فصل حضورش در استقلال ،سه قهرمانی را کسب کرد و سرانجام در روز 7 مهر 91،رسما به دوران بازیگری خود پایان داد./ش