برخی منابع خبری از بروز اختلاف بین یکی از بازیکنان بزرگ استقلال با امیر قلعه‌نویی پرده برداشته بودند و پیرامون این موضوع به انتشار نقل قول‌هایی پرداخته بودند که این موضوع مورد توجه برخی رسانه‌ها نیز قرار گرفت. در آن خبر آمده بود که یک هافبک گرانقیمت استقلال در محفلی بابت بازی ندادن امیر قلعه‌نویی به جی‌لوید ساموئل انتقاد کرده است که باشگاه استقلال بلافاصله در این خصوص واکنش نشان داد. محمد سررشته‌داری، مسوول روابط عمومی باشگاه استقلال در این باره به خبرگزاری ایسنا گفته است: «یکی از سایت‌ها بحثی را مطرح کرد و از طرف یکی از بازیکنان تیم نقل قولی را آورده است و مشخص نیست که منظور کدام بازیکن است. ما این مساله را از نظر قانونی پیگیری خواهیم کرد تا کاملا مشخص شود که اینچنین کارهایی با چه هدفی انجام می‌شود. قطعا اینگونه نوشته‌ها هدفی جز ضربه زدن به استقلال و متشنج کردن وضعیت تیم ندارد.
فضای حاکم بر تیم استقلال کاملا باز است و بازیکنان رابطه خوبی با قلعه‌نویی دارند. اگر بحثی هم باشد خودشان با قلعه‌نویی در میان خواهند گذاشت. همچنین در این مدت درباره هاشم بیک‌زاده نیز صحبت‌هایی مطرح شد و کاملا مشخص بود که در این مورد هم هدفی جز تفرقه‌افکنی دنبال نمی‌شد.» در همین راستا شنیده شده که باشگاه استقلال به محض بازگشت امیر قلعه‌نویی از مشهد پیگیر موضوع خواهد شد. برخی احتمال می‌دهند بازیکنی که از او نقل قول شده جواد نکونام باشد اما چون نامی از این بازیکن برده نشده نمی‌توان فعلا در این باره چیزی گفت./ش-ا