فرشید باقری در دیدار با فولاد خوزستان از ناحیه مچ پا دچار آسیب دیدگی شد و با درد شدید از زمین بیرون رفت. هافبک دفاعی استقلال در هفته های پایانی فصل گذشته هم از همین ناحیه دچار آسیب دیدگی شده بود و اوج مشکلش در دربی برگشت رخ داد. زمانی که مجبور شد به دلیل آسیب دیدگی از همین ناحیه زمین بازی را ترک کند. او پس از خروج از میدان هم مصاحبه تندی علیه کادر مدیریتی باشگاه انجام داد و مدعی شد اگر تیمش در زمین های مناسب تمرین می کرد او هم مشکلی از این نظر برایش بوجود نمی آمد.
فرشید باقری پس از آن با حکم اخراج موقت باشگاه همزمان و در روزهایی که به دلیل آسیب دیدگی نمی توانست کنار تیم باشد از ترکیب اصلی هم دور شد. باقری در روزهایی که تیم استقلال خود را برای ورود به فصل بدنسازی آماده می کرد با این بحث مواجه شد که باید مچش را تحت عمل جراحی قرار دهد.
باقری در این باره با ام آر آی از مچ پایش به کادر پزشکی باشگاه استقلال مراجعه کرد و در همان برهه دکتر نوروزی، باقری را به چند پزشک متخصص معرفی کرد تا بهترین روش برای درمان این مشکل را پیش پایش بگذارند. در این میان همه پزشکان معتقد بودند باقری اگر می خواهد فوتبال بازی کند باید تحت عمل جراحی قرار بگیرد اما باقری تن به این کار نداد. فرشید در آن برهه با انجام تمرینات ویژه برای تقویت قوای بدنی اش خود را به تمرینات گروهی استقلال رساند و در هفته های پایانی فصل بدنسازی به تیمش اضافه شد.
اما باقری در همین مدت با رباط پاره در ناحیه مچ پایش در میادین حضور می یافت و سرانجام در دیدار با فولاد در حین دویدن به سمت عقب با تحمل درد شدیدی به زمین افتاد و دیگر قادر به ادامه بازی نبود. باقری در دیدار هفته اول هم با همین مشکل بازی کرده بود و گفته می شود برای همین که رباط مچش پاره است نتوانسته بود در حین ایستادن بین دیوار دفاعی به هوا بپرد و توپ از همان نقطه به طرف دروازه رفته و گل بازیکن ماشین سازی به ثمر رسید.
شنیده ها درباره آخرین وضعیت این بازیکن حاکی از این است که اگر می خواهد فوتبالش ادامه دهد باید رباط پاره مچ پایش را جراحی کند وگرنه می تواند بدون جراحی به زندگی عادی اش برگردد. او با این شرایط علاوه بر دربی حداقل تا 4 ماه آینده تمام مسابقات استقلال را از دست می دهد و اگر در تیرماه جراحی می کرد در مهرماه به تمرینات برمی گشت.