اگر چه وینفرد شفر در ابتدا در نامه‌ای به باشگاه خواهان محرومیت باقری از حضور در تمرینات شد، اما در ادامه درخواست کرد که هافبک استقلال به تمرینات بازگردد. با این وجود هیئت مدیره باشگاه استقلال بر این باور است که باید با بازیکن سالاری مبارزه کرد تا اتفاقات مشابه در تیم تکرار نشود.
اما در گزارش رفتارهای باقری که به دست مدیران استقلال رسیده، مواردی دیده می‌شود که در زیر می‌آید:
* نخست درگیری با مارکوس نیومایر، هافبک آلمانی پیشین استقلال در جریان بازی با السد قطر در تهران. در تاریخ دوازدهم فروردین ماه در گزارشی در خبرگزاری تسنیم به این نکته اشاره شد که نیومایر گفته بود برخی از بازیکنان در رختکن بین دو نیمه بازی با السد قطر به او حمله کرده و حتی از سرمربی تیم خواسته بودند که تعویضش کند. اتفاقاً نیومایر تعویض شد و استقلال در نیمه دوم سه گل دریافت کرد. ظاهراً یکی از بازیکنان فرشید باقری بوده است.
* در نیم‌فصل اول، روزبه چشمی و فرشید اسماعیلی به دلیل صحبت‌هایی که با فتحی در یکی از تمرینات استقلال انجام دادند، مدتی را از حضور در تمرینات محروم شدند. باقری هم در بطن ماجرا حضور داشت، اما چون برای نخستین بار بود که چنین صحبت‌هایی را مطرح می‌کرد، بخشیده شد.
* درگیری با مرتضی تبریزی در اردوی ترکیه، دیگر رفتار حاشیه‌ای باقری بود. در یکی از بازی‌های دوستانه استقلال در اردوی نیم‌فصل دوم در ترکیه، او با تبریزی درگیر می‌شود و اگر دخالت سایر بازیکنان نبود، کار به جاهای باریک کشیده می‌شد.
* زمانی که آیاندا پاتوسی به تازگی به استقلال آمده بود، در یکی از بازی‌ها باقری رفتار بدی با او می‌کند، رفتاری که باعث تعجب سایر بازیکنان هم شده بود.
* پیش از برگزاری دربی 89، امیرحسین فتحی در تمرین استقلال حضور یافته و عنوان می‌کند که به دلیل مشکلاتی که وجود دارد، باشگاه نتوانسته بخشی از مطالبات بازیکنان را پرداخت. باقری و یک بازیکن دیگر به کنایه به مدیرعامل استقلال می‌گویند که اگر پول نیست، به چه دلیلی در تمرینات حضور یافته است!
* درگیری در رختکن استقلال در بین دو نیمه بازی با پرسپولیس یکی دیگر از رفتارهای خارج از چارچوب باقری بوده است. البته باقری سعی کرد با داد و فریاد مانع درگیری و ادامه بحث‌های بین فرشید اسماعیلی با پاتوسی و ایسما گونکالوس شود، اما با مهدی رحمتی کاپیتان استقلال نیز وارد درگیری شد که از چشم‌ها پنهان نماند. او همچنین پس از دربی در هتل محل اقامت آبی‌پوشان با یکی از لیدرها درگیر می‌شود.
چندین مورد پرخاشگری و اعتراض به بازیکنان برای پاس ندادن از جمله رفتارهای صورت گرفته از سوی باقری بوده است که در نهایت هیئت مدیره را وادار به تصمیم‌گیری درباره این بازیکن کرد تا باقری تا پایان فصل از حضور در تمرینات محروم شود. قرارداد باقری دو ساله است و باشگاه تصمیم گرفته در پایان فصل در خصوص ادامه همکاری به این بازیکن تصمیم بگیرد. همچنین باقری عنوان کرده است که تنها 35 تا 40 درصد از قراردادش را گرفته، اما باشگاه استقلال مدعی است که او 50 درصد از قراردادش را دریافت کرده.
به گزارش تسنیم، مواردی که در بالا اشاره شد باعث تصمیمی بود که اعضای هیئت مدیره استقلال و مدیرعامل باشگاه برای بازیکن تیم‌شان گرفته‌اند. باقری بازیکن بااستعدادی است و عملکرد او در ترکیب استقلال نیاز به توضیح ندارد، بازیکنی که حتی مورد توجه پرسپولیس و برانکو ایوانکوویچ هم قرار گرفته بود، اما هیئت مدیره استقلال که چند ماهی است روی کار آمده، به این نتیجه رسیده‌اند که باید از یک جایی جلوی برخی رفتارها گرفته شود تا تیم استقلال به نظم و انضباط خوبی برسد.
موضوع بعدی، تصمیمی است که از سوی هیئت مدیره و مدیرعامل استقلال گرفته شده است. در اینجا این سؤال پیش می‌آید که نقش سرمربی به عنوان نفر اول کادر فنی چیست؟ فتحی، مدیرعامل استقلال شب گذشته توضیح داد و گفت که رأی قبلی لازم‌الاجراست و شفر نامه دیگری برای باشگاه در رابطه با این بازیکن نداده است.