او همزمان با شروع به کار در
مونیخ به حضور نداشتن پزشکان تیم در تمرینات بایرن معترض بود. پپ از زمان
مربیگری در بارسلونا عادت کرده است تیم پزشکی باشگاه را در جلسات تمرینی
کنار خود داشته باشد. اما در بایرن مونیخ سیستم جور دیگری است. چنانچه
اتفاقی رخ دهد، فیزیوتراپ‌های تیم مسئولیت رسیدگی اولیه را برعهده دارند.
سپس اگر احتیاج به مداوای بیشتر بود بازیکنان به مطب ارتوپدی دکتر مولر
فرستاده می‌شوند؛ که این اصلا با سلیقه گواردیولا همخوانی ندارد.
از این رو ماتیاس سامر مدیر ورزشی باشگاه فصل گذشته هردو طرف را به یک جلسه برای رفع سوءتفاهم دعوت کرد.
مولر که یک ارتوپد شناخته شده در سطح جهانی است، اعتقاد دارد اگر او به
عنوان پزشک تمام مدت در کنار تیم باشد، نمی‌تواند به تمرینات شخصی خودش
برسد، چراکه پزشکان هم باید هرروز تمرین داشته باشند. اگر پزشک دائما در
زمین تمرین باشگاه حضور داشته باشد، تنها نظاره‌گر و تماشاچی تمرینات
دیگران خواهد بود.
اما این توجیهات برای گواردیولا قانع‌کننده نیست. به همین دلیل او تیاگو
آلکانتارا را بعد از پارگی رباط پایش در ماه مارس سال جاری، برای معالجه به
بارسلونا فرستاد. زیرا پپ نگران آن بود که هموطنش به بازی‌های تیم ملی در
جام جهانی نرسد.
مولر 71 ساله که 36 سال است با باشگاه بایرن مونیخ همکاری می‌کند و 21
تغییر سرمربی را در این تیم شاهد بوده است، به این حرکت اعتراض کرد و از آن
روز اختلاف وی و گواردیولا بالا گرفت.
به نظر می‌رسد مسئولان بایرن در این دعوا جانب دکتر مولر را بگیرند، آنها
به کار او کاملا ایمان دارند. یکبار هم پیشتر وقتی کلینزمن مربی بایرن بود،
بین او و مولر مشاجره‌ای پیش آمد و در پی آن مولر همکاری‌اش را با
باواریایی‌ها قطع کرد؛ ولی اولی هونس رئیس باشگاه فورا برای بازگرداندن او
دست به کار شد.
مولر می‌گوید: "تا الان توانسته‌ایم هر مربی که به مونیخ آمده را توجیه کنیم؛ گواردیولا را هم توجیه خواهیم کرد."